Zvláštní kategorie osobních údajů jsou takové osobní údaje, které vypovídají o rasovém či etnickém původu, politických názorech, náboženském vyznání či filozofickém přesvědčení, členství v odborech, zdravotním stavu či o sexuálním životě nebo sexuální orientaci fyzické osoby. Za zvláštní kategorii údajů jsou považovány i genetické a biometrické údaje, které jsou zpracovávány za účelem jedinečné identifikace fyzické osoby.

Jejich výčet je téměř totožný s výčtem citlivých údajů v zákoně č. 101/2000 Sb., o ochraně osobních údajů, až na údaj o odsouzení za trestný čin, který již nebude považován za zvláštní kategorii osobních údajů, ale podmínky pro zpracování osobních údajů týkajících se rozsudků v trestních věcech a trestných činů mají zvláštní režim v článku 10 obecného nařízení.